Extraction and detection of baculoviral DNA from lake water, detritus and forest litter
Notice bibliographique
Résumé
AIMS: This paper describes a quick, reproducible, sensitive method for baculoviral DNA extraction, purification and detection from freshwater and forest litter environments. METHODS AND RESULTS: The extraction protocol utilizes enzymatic and chemical lysis and physical disruption. To assess the efficiency of the extraction and purification protocol, PCR was used to detect a 530 bp DNA fragment from the genome of a genetically-modified baculovirus, Choristoneura fumiferana NPVegt-/lacZ+. The detection limit of PCR amplification was routinely about 4.1 x 102 occlusion bodies (OBs) 450 microl-1 lake water. Template DNA from the detritus and forest litter samples required 100-fold dilutions before use in PCR reactions. The detection limits for detritus and forest litter samples were routinely about 7.41 x 103 and 2.08 x 104 OBs 0.5 g-1 dry weight, respectively. CONCLUSION: The DNA extraction and purification methodology is reproducible, sensitive and can be used in lieu of, or in conjunction with, insect bioassays. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: The DNA extraction and purification protocol described in this paper will facilitate risk assessment and ecological studies of both wild-type and genetically-modified baculoviruses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».