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Enregistrement W2074141836 · doi:10.1139/b07-080

Phylogenetic relationships among taxa in the Jahnulales inferred from 18S and 28S nuclear ribosomal DNA sequences

2007· article· en· W2074141836 sur OpenAlexvenueno aff
Jinx Campbell, Astrid Ferrer, Huzefa A. Raja, Somsak Sivichai, Carol A. Shearer

Notice bibliographique

RevueCanadian Journal of Botany · 2007
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant Pathogens and Fungal Diseases
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesSmithsonian Tropical Research InstituteNational Science Foundation
Mots-clésBiologyCladeMonophylyBotanyRibosomal DNAPhylogenetic treeGenusType speciesInternal transcribed spacerZoologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Jahnulales is an order of freshwater, lignicolous, bitunicate ascomycetes characterized by wide (10–40 μm), brown, septate hyphae, stalked and (or) sessile ascomata, ascomal walls of 2–6 layers of large cells, and 1-septate ascospores. A variety of ascospore modifications are represented among the species in the order, including wall roughening, gelatinous sheaths, appendages and (or) pads, and apical caps or spines. To clarify generic boundaries and phylogenetic relationships within the Jahnulales and to assess the taxonomic significance of various morphological characters, a molecular study was carried out using 18S and 28S rDNA sequence data from 15 species representing the four genera in the order. In addition, Brachiosphaera tropicalis Nawawi and Xylomyces chlamydosporus Goos, R.D. Brooks & Lamore, two mitosporic species that co-occur with Jahnula Kirschst., species and have wide (>10 μm), brown, septate hyphae were included in the study to determine whether these species are members of this order. Maximum likelihood analyses confirmed the monophyly of the Jahnulales and resolved four clades. Two robustly supported clades comprise the genera Aliquandostipite Inderb. and Megalohypha A. Ferrer & Shearer. A third well-supported clade encompassed species of Brachiosphaera , Jahnula , and Xylomyces . The fourth clade contained isolates of the type species of the genus Jahnula, Jahnula aquatica (Plöttn. & Kirschst.) Kirschst., and two other members of this genus, but this clade was weakly supported. Our data suggest that the presence of very wide, brown, septate hyphae is an important character defining the Jahnulales. Based on molecular and morphological data, we propose the transfer of Jahnula siamensiae Sivichai & E.B.G. Jones and Patescospora separans Abdel-Wahab & El-Shar. to Aliquandostipite and emend the description of the Jahnulales.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,194
Score d'incertitude au seuil0,928

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,208
Écart entre enseignants0,192 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations42
Publié2007
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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