A new set of primers for <scp>COI</scp> amplification from freshwater microcrustaceans
Notice bibliographique
Résumé
Despite the contribution of DNA barcoding towards understanding the biodiversity and distribution of species, the success of COI amplification has been quite variable when it comes to freshwater zooplankton (Elías-Gutiérrez & Valdez-Moreno 2008; Jeffery et al. 2011). Some genera of microcrustaceans seem to be more difficult to amplify than others. For example, Macrothrix, Scapholeberis, Diaphanosoma and cyclopoids have yielded limited results. Among several possible reasons for the inability to barcode freshwater microcrustaceans is that there does not exist a specific set of primers for COI amplification. To this end, we developed a zooplankton - specific set of primers, which significantly increased average amplification success (20% increase). With these primers, we observed an overall success of over 70% for Sididae and Chydoridae, and more than 80% for Daphniidae, Moinidae, Bosminidae, Macrothricidae, Ilyocryptidae and Diaptomidae. We also demonstrate a simple alteration to a common specimen fixation method that increases the overall recovery of barcodes from freshwater zooplankton. Collectively, we believe our results will greatly aid the recovery of barcodes from these difficult groups.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».