Characterization of Aromatic−Amide(Side-Chain) Interactions in Proteins through Systematic ab Initio Calculations and Data Mining Analyses
Notice bibliographique
Résumé
In this study, noncovalent interactions between aromatic groups and side-chain amides in proteins were characterized. To elucidate the nature and structure−strength relationship of the interaction, the geometries and interaction potential energy surfaces for the benzene−formamide model complex were exhaustively and systematically studied at the MP2 level of theory. The effects of basis set size and basis set superposition error were investigated for 15 selected complex structures. The results indicate that the aromatic−amide (side-chain) interaction can achieve a significant binding energy of up to 4.0 kcal/mol over a wide conformational space. The interaction involves the entire side-chain amide group rather than only its amine portion. Both dispersion and electrostatic interactions are the major contributors for the binding energy, and the π electron charge distributions in both groups and the dipole moment of the side-chain amide group are crucial to the interaction. The importance of such an interaction in proteins was verified through data mining analyses of 1029 X-ray protein structures. The interaction naturally occurs in proteins with a frequency of more than one per two proteins on a statistical average and is of significance for some protein structure. The interaction was also found to play a role in determining the biological activity of some proteins. Our study not only emphasizes the significance of aromatic−amide(side-chain) interactions in proteins but also deepens our understanding of noncovalent interactions involving benzene or other aromatic groups.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».