Mutational Analysis of Trypanosoma brucei RNA Editing Ligase Reveals Regions Critical for Interaction with KREPA2
Notice bibliographique
Résumé
The Trypanosoma brucei parasite causes the vector-borne disease African sleeping sickness. Mitochondrial mRNAs of T. brucei undergo posttranscriptional RNA editing to make mature, functional mRNAs. The final step of this process is catalyzed by the essential ligase, T. brucei RNA Editing Ligase 1 (TbREL1) and the closely related T. brucei RNA Editing Ligase 2 (TbREL2). While other ligases such as T7 DNA ligase have both a catalytic and an oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold domain, T. brucei RNA editing ligases contain only the catalytic domain. The OB-fold domain, which is required for interaction with the substrate RNA, is provided in trans by KREPA2 (for TbREL1) and KREPA1 (for TbREL2). KREPA2 enhancement of TbREL1 ligase activity is presumed to occur via an OB-fold-mediated increase in substrate specificity and catalysis. We characterized the interaction between TbREL1 and KREPA2 in vitro using full-length, truncated, and point-mutated ligases. As previously shown, our data indicate strong, specific stimulation of TbREL1 catalytic activity by KREPA2. We narrowed the region of contact to the final 59 C-terminal residues of TbREL1. Specifically, the TbREL1 C-terminal KWKE (441-444) sequence appear to coordinate the KREPA2-mediated enhancement of TbREL1 activities. N-terminal residues F206, T264 and Y275 are crucial for the overall activity of TbREL1, particularly for F206, a mutation of this residue also disrupts KREPA2 interaction. Thus, we have identified the critical TbREL1 regions and amino acids that mediate the KREPA2 interaction.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».