Identification of six differentially expressed genes in response to copper exposure in the aquatic plant <i>Lemna gibba</i> (duckweed)
Notice bibliographique
Résumé
Aquatic plants are susceptible to metal pollution and provide an entry point for metals, such as copper, into the aquatic biosphere. Exposure of the aquatic plant Lemna gibba to copper has been associated with the production of reactive oxygen species (ROS) and oxidative damage, caused in large part by the ability of this metal to redox cycle. In particular, copper-mediated production of ROS, a known group of signaling molecules, triggers numerous defense responses in L. gibba. Therefore, the objective of the present study was to examine to what extent acute copper exposure alters gene expression. First, the kinetics of copper uptake was assessed to determine if assimilation occurred within the short exposures needed to induce gene expression. Subsequently, using differential display polymerase chain reaction, we identified six genes with expressions that were putatively altered in response to copper. Differential expression was confirmed by northern hybridization analysis and showed that copper causes an accumulation of transcripts that encode for callose synthase, heat shock protein 90, serine decarboxylase, and the biotin carboxylase subunit of acetyl-coenzyme A carboxylase. Conversely, copper caused a decline in transcript levels for genes encoding the HAP5 subunit of the heme-activated protein (HAP) transcription factor in addition to the chloroplast nucleoid DNA-binding protein CND41. Interestingly, the expressions of these genes are sensitive to cellular ROS levels. We believe that these gene products provide valuable information regarding the molecular mechanisms of copper toxicity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».