Invasive potential of gut mucosa-derived fusobacterium nucleatum positively correlates with IBD status of the host
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Fusobacterium nucleatum is a heterogeneous oral pathogen that is also a common resident of the human gut mucosa. Given that some strains of F. nucleatum are known to be invasive and proinflammatory in the oral mucosa, we compared strains isolated from patients with inflammatory bowel disease (IBD) with strains isolated from healthy controls to determine 1) whether this species was more commonly associated with IBD patients; and 2) whether gut-derived F. nucleatum strains from IBD patients showed an increased capacity for invasion. METHODS: Biopsy material was obtained from 56 adult patients undergoing colonoscopy for colon cancer screening purposes or assessment of irritable bowel syndrome status (34 patients), or to assess for presence of gastrointestinal disease (i.e., IBD or indeterminate colitis, 22 patients). We enumerated Fusobacterium spp. strains isolated from human gut biopsy material in a blinded fashion, and then compared the virulence potential of a subset of F. nucleatum strains using an invasion assay in a Caco-2 model system. RESULTS: Fusobacterium spp. were isolated from 63.6% of patients with gastrointestinal disease compared to 26.5% of healthy controls (P = 0.01). In total, 69% of all Fusobacterium spp. recovered from patients were identified as F. nucleatum. F. nucleatum strains originating from inflamed biopsy tissue from IBD patients were significantly more invasive in a Caco-2 cell invasion assay than strains that were isolated from healthy tissue from either IBD patients or control patients (P < 0.05 to 0.001). CONCLUSIONS: This study indicates that colonization of the intestinal mucosa by highly invasive strains of F. nucleatum may be a useful biomarker for gastrointestinal disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».