Defining the DNA uptake specificity of naturally competent Haemophilus influenzae cells
Notice bibliographique
Résumé
Some naturally competent bacteria exhibit both a strong preference for DNA fragments containing specific 'uptake sequences' and dramatic overrepresentation of these sequences in their genomes. Uptake sequences are often assumed to directly reflect the specificity of the DNA uptake machinery, but the actual specificity has not been well characterized for any bacterium. We produced a detailed analysis of Haemophilus influenzae's uptake specificity, using Illumina sequencing of degenerate uptake sequences in fragments recovered from competent cells. This identified an uptake motif with the same consensus as the motif overrepresented in the genome, with a 9 bp core (AAGTGCGGT) and two short flanking T-rich tracts. Only four core bases (GCGG) were critical for uptake, suggesting that these make strong specific contacts with the uptake machinery. Other core bases had weaker roles when considered individually, as did the T-tracts, but interaction effects between these were also determinants of uptake. The properties of genomic uptake sequences are also constrained by mutational biases and selective forces acting on USSs with coding and termination functions. Our findings define constraints on gene transfer by natural transformation and suggest how the DNA uptake machinery overcomes the physical constraints imposed by stiff highly charged DNA molecules.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».