Isolation and characterization of SSR sequences from the genome and TAC clones of common wheat using the PCR technique
Notice bibliographique
Résumé
We have developed the 2-step PCR method, a kind of suppression PCR procedure, to isolate simple sequence repeats (SSRs) from common wheat (Triticum aestivum L.) in a more convenient manner. This system requires neither genomic library screening nor the SSR-enrichment procedure. As a result, we designed 131 primer pairs based on isolated SSRs from not only genomic DNA, but also transformation-competent artificial chromosome (TAC) clones. It has been demonstrated that 34 of the 131 SSR markers developed were polymorphic among 8 wheat lines. Four of 34 polymorphic SSR markers were derived from TAC clones, indicating that this method could be applied to the targeted development of unique SSR markers in large genomic DNA libraries such as those composed of bacterial artificial chromosomes (BACs). A considerable number of isolated SSR clones had similarities with part of several long terminal repeats of retrotransposons (LTR-RTs) identified in various Triticeae genome sequences. Most of those SSRs showed smear amplification profiles, suggesting that a considerable number of dysfunctional SSRs originating from repetitive DNA components, especially LTR-RTs, might exist in the common wheat genome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».