Prognostic B-cell Signatures Using mRNA-Seq in Patients with Subtype-Specific Breast and Ovarian Cancer
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: Lymphocytic infiltration of tumors predicts improved survival in patients with breast cancer. Previous studies have suggested that this survival benefit is confined predominantly to the basal-like subtype. Immune infiltration in ovarian tumors is also associated with improved prognosis. Currently, it is unclear what aspects of the immune response mediate this improved outcome. EXPERIMENTAL DESIGN: Using The Cancer Genome Atlas mRNA-seq data and a large microarray dataset, we evaluated adaptive immune gene expression by genomic subtype in breast and ovarian cancer. To investigate B-cells observed to be prognostic within specific subtypes, we developed methods to analyze B-cell population diversity and degree of somatic hypermutation (SHM) from B-cell receptor (BCR) sequences in mRNA-seq data. RESULTS: Improved metastasis-free/progression-free survival was correlated with B-cell gene expression signatures, which were restricted mainly to the basal-like and HER2-enriched breast cancer subtypes and the immunoreactive ovarian cancer subtype. Consistent with a restricted epitope-driven response, a subset of basal-like and HER2-enriched breast tumors and immunoreactive ovarian tumors showed high expression of a low-diversity population of BCR gene segments. More BCR segments showed improved prognosis with increased expression in basal-like breast tumors and immunoreactive ovarian tumors compared with other subtypes. Basal-like and HER2-enriched tumors exhibited more BCR sequence variants in regions consistent with SHM. CONCLUSION: Taken together, these data suggest the presence of a productive and potentially restricted antitumor B-cell response in basal-like breast and immunoreactive ovarian cancers. Immunomodulatory therapies that support B-cell responses may be a promising therapeutic approach to targeting these B-cell infiltrated tumors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».