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Enregistrement W2076722987 · doi:10.1074/jbc.m114.548891

The Inner Membrane Complex Sub-compartment Proteins Critical for Replication of the Apicomplexan Parasite Toxoplasma gondii Adopt a Pleckstrin Homology Fold

2014· article· en· W2076722987 sur OpenAlexafffund
Michelle L. Tonkin, Josh R. Beck, Peter J. Bradley, Martin J. Boulanger

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueToxoplasma gondii Research Studies
Établissements canadiensUniversity of Victoria
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchU.S. Public Health ServiceNational Institutes of HealthMichael Smith Health Research BCCanadian Light Source
Mots-clésBiologyPleckstrin homology domainCell biologyPhospholipid scramblasePopulationTransport proteinPlasma protein bindingPhospholipidBiochemistrySignal transductionMembrane

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Toxoplasma gondii, an apicomplexan parasite prevalent in developed nations, infects up to one-third of the human population. The success of this parasite depends on several unique structures including an inner membrane complex (IMC) that lines the interior of the plasma membrane and contains proteins important for gliding motility and replication. Of these proteins, the IMC sub-compartment proteins (ISPs) have recently been shown to play a role in asexual T. gondii daughter cell formation, yet the mechanism is unknown. Complicating mechanistic characterization of the ISPs is a lack of sequence identity with proteins of known structure or function. In support of elucidating the function of ISPs, we first determined the crystal structures of representative members TgISP1 and TgISP3 to a resolution of 2.10 and 2.32 Å, respectively. Structural analysis revealed that both ISPs adopt a pleckstrin homology fold often associated with phospholipid binding or protein-protein interactions. Substitution of basic for hydrophobic residues in the region that overlays with phospholipid binding in related pleckstrin homology domains, however, suggests that ISPs do not retain phospholipid binding activity. Consistent with this observation, biochemical assays revealed no phospholipid binding activity. Interestingly, mapping of conserved surface residues combined with crystal packing analysis indicates that TgISPs have functionally repurposed the phospholipid-binding site likely to coordinate protein partners. Recruitment of larger protein complexes may also be aided through avidity-enhanced interactions resulting from multimerization of the ISPs. Overall, we propose a model where TgISPs recruit protein partners to the IMC to ensure correct progression of daughter cell formation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,087
Score d'incertitude au seuil0,515

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,047
Tête enseignante GPT0,311
Écart entre enseignants0,264 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations15
Publié2014
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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