Phylogenetic placement of lichenicolous Phoma species in the Phaeosphaeriaceae (Pleosporales, Dothideomycetes)
Notice bibliographique
Résumé
More than twenty species of lichenicolous fungi have been described in Phoma , a large anamorphic genus of primarily plant-associated pathogens with broad geographic distributions. We obtained nuclear and mitochondrial rDNA sequences from 19 fungal cultures isolated from specimens representing four described and two undescribed lichenicolous species in the genus. Our multilocus phylogeny indicates that lichenicolous Phoma species represent at least two phylogenetically distinct clades in the Phaeosphaeriaceae, one including a new species, Phoma puncteliae, isolated from a specimen of Punctelia rudecta collected in Maryland, USA, and another group of primarily lichenicolous species. This latter group includes four described lichenicolous Phoma species, an unidentified melanized rock fungus, and a new lichenicolous Phoma species isolated from Xanthomendoza species collected in Canada that we are naming P. xanthomendozae. Some specimens in this clade collected from different lichen genera and species were found to be very similar genetically, which calls into question the recent practice of recognizing lichenicolous Phoma species mainly by differences in host preference.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».