Diversity of methanotroph communities in a basalt aquifer
Notice bibliographique
Résumé
Methanotrophic bacteria play an important role in global cycling of carbon and co-metabolism of contaminants. Methanotrophs from pristine regions of the Snake River Plain Aquifer (SRPA; Idaho, USA) were studied in order to gain insight into the native groundwater communities' genetic potential to carry out TCE co-metabolism. Wells were selected that were proximal to a TCE plume believed to be undergoing natural attenuation. Methane concentrations ranged from 1 to >1000 nM. Carbon isotope ratios and diversity data together suggest that the SRPA contains active communities of methanotrophs that oxidize microbially produced methane. Microorganisms removed from groundwater by filtration were used as inocula for enrichments or frozen immediately and DNA was subsequently extracted for molecular characterization. Primers that specifically target methanotroph 16S rRNA genes or genes that code for subunits of soluble or particulate methane monooxygenase, mmoX and pmoA, respectively, were used to characterize the indigenous methanotrophs via PCR, cloning, RFLP analysis, and sequencing. Type I methanotroph clones aligned with Methylomonas, Methylocaldum, and Methylobacter sequences and a distinct 16S rRNA phylogenetic lineage grouped near Methylobacter. The majority of clone sequences in type II methanotroph 16S rRNA, pmoA, and mmoX gene libraries grouped closely with sequences in the Methylocystis genus. A subset of the type II methanotroph clones from the aquifer had sequences that aligned most closely to Methylosinus trichosporium OB3b and Methylocystis spp., known TCE-co-metabolizing methanotrophs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».