Thermodynamics and stability of the PAAD/DAPIN/PYRIN domain of IFI‐16
Notice bibliographique
Résumé
The PAAD domain is a conserved domain recently identified in more than 35 human proteins that are involved in apoptosis and inflammatory signaling pathways. Structural studies have confirmed that this domain belongs to the death domain superfamily which includes PAAD/CARD/DED/DD families. Recently, the 3D structures determined by NMR of NALP1 and ASC PAAD domain, members of the PAAD family, have shown that it is composed of a 6 helix bundle as with other death domain family members. However, helix-3 in the solved structures is unordered in solution. In this study we compare the thermodynamic, folding and stability properties of different members of the PAAD and CARD families and investigate structural conformational changes induced by the helix inducers trifluoroethanol and SDS on the PAAD domain of IFI16 and on the CARD domain of RAIDD. We show that inside the PAAD and CARD families, members have similar thermodynamic properties, however, the DeltaG of folding for PAAD and CARD members are, respectively, -1.4 and -5.5 kcal mol(-1). This difference is attributed to less alpha helical content for PAAD due to the unfolding of helix-3 that lowers bonded energy and increases disorder when compared to CARD members. Despite identical fold between PAAD and CARD families but limited sequence identity, there are striking differences in the thermodynamics of both families.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».