Distribution of Colonization and Antimicrobial Resistance Genes in <i>Campylobacter jejuni</i> Isolated from Chicken
Notice bibliographique
Résumé
Campylobacter jejuni is an important worldwide foodborne pathogen commonly found as a commensal organism in poultry that can reach high numbers within the gut after colonization. Although information regarding some genes involved in colonization is available, little is known about their distribution in strains isolated specifically from chickens and whether there is a linkage between antimicrobial resistance (AMR) and colonization genes. To assess the distribution and relevance of genes associated with chicken colonization and AMR, a C. jejuni microarray was created to detect 254 genes of interest in colonization and AMR including variants. DNA derived from chicken-specific Campylobacter isolates collected in 2003 (n=29) and 2008 (n=28) was hybridized to the microarray and compared. Hybridization results showed variable colonization-associated gene presence. Acquired AMR genes were low in prevalence whereas chemotaxis receptors, arsenic resistance genes, as well as genes from the cell envelope and flagella functional groups were highly variable in their presence. Strains clustered into two groups, each linked to different control strains, 81116 and NCTC11168. Clustering was found to be independent of collection time. We also show that AMR weakly associated with the CJ0628 and arsR genes. Although other studies have implicated numerous genes associated with C. jejuni chicken colonization, our data on chicken-specific isolates suggest the opposite. The enormous variability in presumed colonization gene prevalence in our chicken isolates suggests that many are of lesser importance than previously thought. Alternatively, this also suggests that combinations of genes may be required for natural colonization of chicken intestines.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».