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Enregistrement W2077771769 · doi:10.1186/s12953-015-0068-3

Towards further defining the proteome of mouse saliva

2015· article· en· W2077771769 sur OpenAlex
Anne Blanchard, Peyman Ezzati, Dmitry Shamshurin, Andreea Nistor, Etienne Leygue, John A. Wilkins, Yvonne Myal

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueProteome Science · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSalivary Gland Disorders and Functions
Établissements canadiensUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésSalivaProteomeProteomicsEnsemblBiologySalivary ProteinsComputational biologyFunction (biology)GeneBioinformaticsGenomeGeneticsGenomicsBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Knowledge of the mouse salivary proteome is not well documented and as a result, very limited. Currently, several salivary proteins remain unidentified and for some others, their function yet to be determined. The goal of the present study is to utilize mass spectrometry analysis to widen our knowledge of mouse salivary proteins, and through extensive database searches, provide further insight into the array of proteins that can be found in saliva. A comprehensive mouse salivary proteome will also facilitate the development of mouse models to study specific biomarkers of many human diseases. RESULTS: Individual saliva samples were collected from male and female mice, and later pooled according to sex. Two pools of saliva from female mice (2 samples/pool) and 2 pools of saliva from male mice were used for analysis utilizing high performance liquid chromatograph mass spectrometry (nano-RPLC-MS/MS). The resulting datasets identified 345 proteins: 174 proteins were represented in saliva obtained from both sexes, as well as 82 others that were more female specific and 89 that were more male specific. Of these sex linked proteins, twelve were identified as exclusively sex-limited; 10 unique to males and 2 unique to females. Functional analysis of the 345 proteins identified 128 proteins with catalytic activity characteristics; indicative of proteins involved in digestion, and 35 proteins associated with stress response, host defense, and wound healing functions. Submission of the list of 345 proteins to the BioMart data mining tool in the Ensembl database further allowed us to identify a total of 283 orthologous human genes, of which, 131 proteins were recently reported to be present in the human salivary proteome. CONCLUSIONS: The present study is the most comprehensive list to date of the proteins that constitute the mouse salivary proteome. The data presented can serve as a useful resource for identifying potentially useful biomarkers of human health and disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,072
Score d'incertitude au seuil0,221

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,037
Tête enseignante GPT0,295
Écart entre enseignants0,258 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle