CI Slide: calibration slide for quantitative microscopy imaging in absorbance
Notice bibliographique
Résumé
New imaging technologies are changing the field of digital pathology. This field faces numerous challenges and there is a pressing need for standardization, calibration protocols, quality control and quantitative assessment. We have designed a new calibration imaging slide (Cancer Imaging Slide), specifically to measure the characteristics of old or new imaging systems or scanners. The layout of the slide consists of 138 boxes with the side length of 1.6 mm, containing objects of known morphologic and photometric characteristics. Among them, 112 boxes contain different permutations of circles, ovals, and squares. The circles have different radii, radius/pitch ratios and step transmissions. The ovals have different sizes and orientations. The squares are consistent in size and orientation but have different step transmission values. Also, 16 boxes contain three resolution test targets: crosses, USAF target and Siemens star. The last 10 boxes are blank boxes with different transmission values. Four slides were scanned and imaged on one commercial whole-slide scanner and one high resolution imaging system. After segmenting the images, about 200 features (photometric, morphologic and architectural) were measured with our in-house image processing software. The objective of the project is to develop a statistical process control using this new slide. In this paper, we describe the characteristics of the slide and present our preliminary results.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,009 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,069 | 0,025 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».