Phenotype-Haplotype Correlation of <i>IRF5</i> in Systemic Sclerosis: Role of 2 Haplotypes in Disease Severity
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: Identification of an association between IRF5 rs2004640 and systemic sclerosis (SSc) has highlighted a key role for type 1 interferon (IFN). Additional functional IRF5 variants have been identified as autoimmune susceptibility factors. Our aim was to investigate whether IRF5 haplotypes confer susceptibility to SSc, and to perform genotype haplotype-phenotype correlation analyses. METHODS: We genotyped IRF5 rs377385, rs2004640, and rs10954213 in 1623 individuals of French European Caucasian origin. SSc patient subphenotypes were analyzed according to cutaneous subsets and for SSc-related pulmonary fibrosis. RESULTS: Case-control studies of single markers revealed an association between IRF5 rs3757385, rs2004640, and rs10954213 variants and SSc. We identified an IRF5 risk haplotype "R" (p(adj) = 0.024, OR 1.23, 95% CI 1.07-1.40) and a mirrored protective haplotype "P" (p(adj) = 8.8 x 10(-3), OR 0.78, 95% CI 0.68-0.90) for SSc susceptibility. Genotype-phenotype correlation analyses failed to detect any association with a single marker. By contrast, phenotype-haplotype correlation analysis was able to detect intra-cohort association and to discriminate SSc patients with from those without the following clinical traits: "R" and/or "P" haplotypes identified diffuse cutaneous SSc (p = 0.0081) and fibrosing alveolitis (p = 0.018). CONCLUSION: IRF5 haplotypes are more informative than single markers, suggesting that they could be helpful for risk stratification of SSc patients. Our study provides further evidence of a key role of IRF5 in SSc severity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».