Peptide quantitation with methyl iodide isotopic tags and mass spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
A novel method is presented for the quantitation of peptides based on their methylation by in vacuo chemical reaction with methyl iodide. Samples of two small peptides, hexaglycine and pentaalanine, were labeled with CH(3)I and CD(3)I, representing the "unknown" and "standard" respectively, and then subjected to a series of tests using mass spectrometry to ascertain the suitability of the isotopic labels for peptide quantitation. The experiments show methyl iodide to be a very quantitative label, exhibiting a linear relationship in concentration over the dynamic range of the mass spectrometer used in the analysis (up to 4 orders of magnitude) both as pure samples and in a complex mixture of peptides. The tendency of trimethylated peptides to preferentially form a(2) fragment ions in MS(2) produces a significant increase in sensitivity, especially when the mass spectrometer is used in the MRM mode. Tests were also performed to verify the stability of the label against H/D exchange and its suitability for long-term storage, showing little degradation while in solution and during subsequent chemical processing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».