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Enregistrement W2078313058 · doi:10.1074/jbc.m406509200

Structure-Activity Relationships of Diastereomeric Lysine Ring Size Analogs of the Antimicrobial Peptide Gramicidin S

2004· article· en· W2078313058 sur OpenAlexaff
Elmar J. Prenner, Mónika Kiricsi, Masood Jelokhani‐Niaraki, Ruthven N.A.H. Lewis, Robert S. Hodges, Ronald N. McElhaney

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2004
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueAntimicrobial Peptides and Activities
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Institute of General Medical Sciences
Mots-clésDiastereomerAntimicrobialPeptideLysineRing (chemistry)Gramicidin SChemistryStereochemistryRing sizeCombinatorial chemistryGramicidinBiochemistryAmino acidOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Structure-activity relationships were examined in seven gramicidin S analogs in which the ring-expanded analog GS14 [cyclo-(VKLKVdYPLKVKLdYP)] is modified by enantiomeric inversions of its lysine residues. The conformation, amphiphilicity, and self-association propensity of these peptides were investigated by circular dichroism spectroscopy and reversed phase high performance liquid chromatography. (31)P nuclear magnetic resonance spectroscopic and dye leakage experiments were performed to evaluate the capacity of these peptides to induce inverse nonlamellar phases in, and to permeabilize phospholipid bilayers; their growth inhibitory activity against the cell wall-less mollicute Acholeplasma laidlawii B was also examined. The amount and stability of beta-sheet structure, effective hydrophobicity, propensity for self-association in water, ability to disrupt the organization of phospholipid bilayers, and ability to inhibit A. laidlawii B growth are strongly correlated with the facial amphiphilicity of these GS14 analogs. Also, the magnitude of the parameters segregate these peptides into three groups, consisting of GS14, the four single inversion analogs, and the two multiple inversion analogs. The capacity of these peptides to differentiate between bacterial and animal cell membranes exhibits a biphasic relationship with peptide amphiphilicity, suggesting that there may only be a narrow range of peptide amphiphilicity within which it is possible to achieve the dual therapeutic requirements of high antibiotic effectiveness and low hemolytic activity. These results were rationalized by considering how the physiochemical properties of these GS14 analogs are likely to be reflected in their partitioning into lipid bilayer membranes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,226
Écart entre enseignants0,204 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations40
Publié2004
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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