Evaluation of thiazole intercalating dyes as acceptors for quantum dot donors in Förster resonance energy transfer
Notice bibliographique
Résumé
Fluorescent probes suitable for the selective detection of DNA sequences are important in genomic research, disease diagnostics, and pathogen detection, among many other applications. The unique optical properties of semiconductor quantum dots (QDs) have proven to be highly valuable for development of fluorescent probes and biosensors. We describe preliminary work toward combining QDs with monomeric thiazole dyes for the detection of nucleic acid hybridization. BO, TO, BO3, and TO3 dyes, which span the visible spectrum, were synthesized with undecanoic acid linkers to permit bioconjugation and their fluorescent enhancements in response to DNA oligonucleotides was evaluated. Contrast ratios between single-stranded probe oligonucleotide and double-stranded probe/target hybrids were between 2.5 and 7.5. BO3 and TO3 were used to label a polyhistidine-appended peptide that self-assembled to QDs and were found to be suitable acceptor dyes for Förster resonance energy transfer (FRET) with QD donors that had their peak emission at 540 nm and 625 nm, respectively. We further conjugated a probe oligonucleotide to a polyhistidineappended peptide at an internal site, and this probe also self-assembled to QDs. Mixing these conjugates with BO3 and either complementary DNA target or non-complementary DNA could induce quenching of the QD emission via FRET, but no FRET-sensitized BO3 emission was observed. Experiments suggested that binding of BO3 to the interface of the QDs was in competition with binding to DNA. Our results provide insight into important criteria (e.g., QD surface chemistry) for designing and optimizing a QD-FRET probe for DNA detection that utilizes the fluorescent properties of monomeric thiazole intercalating dyes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».