Molecular signatures in protein sequences that are characteristics of the phylum Aquificae
Notice bibliographique
Résumé
Species of the phylum Aquificae are of great interest due to their strict extreme thermophilic growth characteristics. Presently, there is no known molecular characteristic which is unique to this group of bacteria. This work describes six conserved inserts and deletions (indels or signature sequences) in four widely distributed proteins that are distinctive features of species from the phylum Aquificae. These include three signatures consisting of a 2 aa insert, a 5-6 aa insert and a 6 aa deletion in DNA polymerase I (PolA), a 6-7 aa insert in glucose-inhibited protein A (GidA), a 52 aa insert in the RNA polymerase beta'-subunit (RpoC) and a 4 aa insert in elongation factor Tu (EF-Tu). Fragments of these genes were amplified in most cases from Hydrogenobacter hydrogenophilus, Hydrogenothermus marinus and Thermocrinis ruber and combined with available sequence data from 'Aquifex aeolicus' and Sulfurihydrogenibium azorense. The presence of the PolA, GidA and RpoC indels in all of the species sequenced provides evidence that they are probably distinctive characteristics of the entire phylum. The indel in EF-Tu, which is shared by Aquifex species and Hydrogenobacter but not Hydrogenothermus and Sulfurihydrogenibium, may provide a molecular marker for the family Aquificaceae. We have also identified a 51 aa insert in SecA preprotein translocase that is commonly shared by various species of the Aquificae as well as two Thermotoga species (Thermotoga maritima and Thermotoga neapolitana) which may be due to lateral gene transfer between these groups. In phylogenetic trees based on a concatenated dataset of fragments from eight different proteins as well as 16S rRNA, the observed branching pattern of these species was very similar and it was consistent with the relationships inferred from various indels. The identified indels provide a novel means for distinguishing species of the Aquificae from all other bacteria in molecular terms and may prove useful for functional studies aimed at understanding the unique biochemical and physiological characteristics of the Aquificae.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».