Glycome and Transcriptome Regulation of Vasculogenesis
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Therapeutic vasculogenesis is an emerging concept that can potentially be harnessed for the management of ischemic pathologies. The present study elucidates the potential coregulation of vasculogenesis by the heparan sulfate glycosaminoglycan-rich cell-surface glycome and the transcriptome. METHODS AND RESULTS: Differentiation of embryonic stem cells into endothelial cells in an in vitro embryoid body is paralleled by an amplification of heparan sulfate glycosaminoglycan sulfation, which correlates with the levels of the enzyme N-deacetylase/N-sulfotransferase 1 (NDST1). Small hairpin RNA-mediated knockdown of NDST1 or modification of heparan sulfate glycosaminoglycans in embryonic stem cells with heparinases or sodium chlorate inhibited differentiation of embryonic stem cells into endothelial cells. This was translated to an in vivo zebrafish embryo model, in which the genetic knockdown of NDST1 resulted in impaired vascularization characterized by a concentration-dependent decrease in intersegmental vessel lumen and a large tail-vessel configuration, which could be rescued by use of exogenous sulfated heparan sulfate glycosaminoglycans. To explore the cross talk between the glycome and the transcriptome during vasculogenesis, we identified by microarray and then validated wild-type and NDST1 knockdown-associated gene-expression patterns in zebrafish embryos. Temporal analysis at 3 developmental stages critical for vasculogenesis revealed a cascade of pathways that may mediate glycocalyx regulation of vasculogenesis. These pathways were intimately connected to cell signaling, cell survival, and cell fate determination. Specifically, we demonstrated that forkhead box O3A/5 proteins and insulin-like growth factor were key downstream signals in this process. CONCLUSIONS: The present study for the first time implicates interplay between the glycome and the transcriptome during vasculogenesis, revealing the possibility of harnessing specific cellular glyco-microenvironments for therapeutic vascularization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».