The Long and Short Flavodoxins
Notice bibliographique
Résumé
Flavodoxins are well known one-domain alpha/beta electron-transfer proteins that, according to the presence or absence of a approximately 20-residue loop splitting the fifth beta-strand of the central beta-sheet, have been classified in two groups: long and short-chain flavodoxins, respectively. Although the flavodoxins have been extensively used as models to study electron transfer, ligand binding, protein stability and folding issues, the role of the loop has not been investigated. We have constructed two shortened versions of the long-chain Anabaena flavodoxin in which the split beta-strand has been spliced to remove the original loop. The two variants have been carefully analyzed using various spectroscopic and hydrodynamic criteria, and one of them is clearly well folded, indicating that the long loop is a peripheral element of the structure of long flavodoxins. However, the removal of the loop (which is not in contact with the cofactor in the native structure) markedly decreases the affinity of the apoflavodoxin-FMN complex. This seems related to the fact that, in long flavodoxins, the adjacent tyrosine-bearing FMN binding loop (which is longer and thus more flexible than in short flavodoxins) is stabilized in its competent conformation by interactions with the excised loop. The modest role played by the long loop of long flavodoxins in the structure of these proteins (and in its conformational stability, see Lopez-Llano, J., Maldonado, S., Jain, S., Lostao, A., Godoy-Ruiz, R., Sanchez-Ruiz, Cortijo, M., Fernandez-Recio, J., and Sancho, J. (2004) J. Biol. Chem. 279, 47184-47191) opens the possibility that its conservation in so many species is related to a functional role yet to be discovered. In this respect, we discuss the possibility that the long loop is involved in the recognition of some flavodoxin partners. In addition, we report on a structural feature of flavodoxins that could indicate that the short flavodoxins derive from the long ones.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».