Discovering gene functional relationships using FAUN (Feature Annotation Using Nonnegative matrix factorization)
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Searching the enormous amount of information available in biomedical literature to extract novel functional relationships among genes remains a challenge in the field of bioinformatics. While numerous (software) tools have been developed to extract and identify gene relationships from biological databases, few effectively deal with extracting new (or implied) gene relationships, a process which is useful in interpretation of discovery-oriented genome-wide experiments. RESULTS: In this study, we develop a Web-based bioinformatics software environment called FAUN or Feature Annotation Using Nonnegative matrix factorization (NMF) to facilitate both the discovery and classification of functional relationships among genes. Both the computational complexity and parameterization of NMF for processing gene sets are discussed. FAUN is tested on three manually constructed gene document collections. Its utility and performance as a knowledge discovery tool is demonstrated using a set of genes associated with Autism. CONCLUSIONS: FAUN not only assists researchers to use biomedical literature efficiently, but also provides utilities for knowledge discovery. This Web-based software environment may be useful for the validation and analysis of functional associations in gene subsets identified by high-throughput experiments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».