P4‐246: Analysis of two immune function genes (CR1 and CD2AP) in Alzheimer's disease in two large Canadian cohorts
Notice bibliographique
Résumé
Complement Receptor 1 (CR1) and CD2-associated protein (CD2AP) are two immune function genes identified in genome-wide association studies as risk factors for late onset Alzheimer Disease (LOAD). Additionally, a recent study suggested that a missense single nucleotide polymorphism (SNP) in CR1 (rs4844609, Thr1610Ser) may be a causative pathological mutation associated with increase risk of AD. We investigated the risk of LOAD associated with SNPs in CR1 (rs 6656401, rs3818361, rs4844609) and CD2Ap (rs9349407) using two large Canadian cohorts from Canadian Study of Health and Aging (CSHA) and A Canadian Collaborative Cohort of Cognitive Impairment and Related Dementia (ACCORD). We combined samples from 2 large Canadian cohorts for analysis of genetic risks. We examined subjects age 65 and above only from the 2 cohorts: AD (n = 421) was diagnosed by NINCDS-ADRDA criteria, and controls (n = 612) were normal subjects who did not show any cognitive decline during the time of follow up. Genotypes were obtained using TaqMan assays, and chi-squared test was used to compare allele and genotype frequencies. Further stratified analyses were performed based on APOE E4 status, age, and sex, and adjusted odds ratios were obtained from logistic regression. We found significant allelic associations with rs6656401 (unadjusted P = 0.006) and with rs3818361 (unadjusted P = 0.037), but not with rs4844609 (unadjusted P = 0.98) nor with CD2Ap rs9349407 (unadjusted P = 0.465). Strong linkage disequilibrium was found between rs6656401 and rs4844609 (D' = 1.0), although the minor allele frequency of rs4844609 is very low (2.6%), and no homozygotes were found in our cohort. After adjustment for age and APOE genotype, only rs6656401 remained significant (P = 0.031) with O.R. 1.4 (95% C.I. 1.031-1.91). While we confirmed association of CR1 SNPs rs6656401 with LOAD, we could not demonstrate any significant association with rs4844609, suggesting that this is not a pathological SNP for LOAD. No significant association was found with CD2Ap in our cohort either. Further molecular studies with CR1 or another gene in close linkage disequilibrium to this locus may reveal mechanisms leading to elevated risk in LOAD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,005 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».