Organ- and Host-Specific Clonal Groups of <i>Staphylococcus aureus</i> from Human Infections and Bovine Mastitis Revealed by the Clumping Factor A Gene
Notice bibliographique
Résumé
Staphylococcus aureus has become a major concern in public health because of the rapid evolution of resistant and host/organ specialized lineages adapted to humans and major food animals. However, the mechanism(s) of host and organ specializations in S. aureus is presently ill defined. The objective of our study was to investigate whether coding intragenic repeat-containing markers would be capable of detecting and grouping adaptive clones, tracing their sources, or studying the basis for their specializations in different microenvironments. We have analyzed the number of copies as well as the nucleotide sequences in the hypervariable R-domain of the clumping factor A gene in 95 isolates from different organs in human patients and from bovine mastitis, using polymerase chain reaction, sequencing, multiple sequence alignment, and phylogenetic relationships. The results showed that isolates of the same human organ were polymorphic for clfA, whereas those of the mammary were clonal. Twenty of the 23 sputum isolates had lower copy numbers of 43-48, while 21 of the 24 skin isolates had 55-63 copies. Twenty-four repeat types were identified with the index of discrimination of 0.9. Repeat types and overall sequence pattern groups were highly consistent. In addition, sequence alignments and phylogenetic analysis placed the isolates from different hosts and organs into respective clusters. Thus, clfA is useful in detecting the clonal lineage of mastitis, and tracing and grouping organ-specific strains, and might be a potential tool for studying host specialization and selection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».