Strain variation and geographic endemism in Streptococcus iniae
Notice bibliographique
Résumé
Twenty-six Israeli isolates of Streptococcus iniae from both marine and fresh/brackish water sources were compared with each other and with 9 foreign isolates. All the isolates were tentatively identified according to their biochemical profile. Direct sequencing of approximately 600 bp PCR products of the 16S rDNA confirmed their identification as S. iniae at the molecular level and revealed a new (one-nucleotide) variant among Israeli isolates, in addition to 2 variants that had been previously reported. Strain variation was further examined by subjecting the isolates to randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) and amplified fragment length polymorphism (AFLP) analyses. The RAPD method allowed separation of the isolates into only 2 groups, one including 5 Israeli fresh/brackish water isolates and one including all the other isolates. The AFLP method grouped the Israeli marine isolates into one homogeneous cluster, although they had been obtained in different years (1995 to 2001) from different species of fish, and from wild (Red Sea) as well as cultured (both Mediterranean and Red Sea) sources. The Israeli fresh/brackish water isolates and foreign isolates separated into distinct entities that clustered at generally high degrees of similarity. The distance between the clusters of the Israeli marine and fresh/brackish water isolates indicates that the S. iniae streptococcosis that has been afflicting the aquaculture industries in the 2 environments in recent years was caused by distinct strains. AFLP showed superior discriminative properties over RAPD in detecting intraspecific variation and proved to be an important tool for the characterization of S. iniae. A correlation between strain variation and geographic endemism was established.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».