The developing xylem transcriptome and genome-wide analysis of alternative splicing in Populus trichocarpa(black cottonwood) populations
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Alternative splicing (AS) of genes is an efficient means of generating variation in protein structure and function. AS variation has been observed between tissues, cell types, and different treatments in non-woody plants such as Arabidopsis thaliana (Arabidopsis) and rice. However, little is known about AS patterns in wood-forming tissues and how much AS variation exists within plant populations. RESULTS: Here we used high-throughput RNA sequencing to analyze the Populus trichocarpa (P. trichocarpa) xylem transcriptome in 20 individuals from different populations across much of its range in western North America. Deep transcriptome sequencing and mapping of reads to the P. trichocarpa reference genome identified a suite of xylem-expressed genes common to all accessions. Our analysis suggests that at least 36% of the xylem-expressed genes in P. trichocarpa are alternatively spliced. Extensive AS was observed in cell-wall biosynthesis related genes such as glycosyl transferases and C2H2 transcription factors. 27902 AS events were documented and most of these events were not conserved across individuals. Differences in isoform-specific read densities indicated that 7% and 13% of AS events showed significant differences between individuals within geographically separated southern and northern populations, a level that is in general agreement with AS variation in human populations. CONCLUSIONS: This genome-wide analysis of alternative splicing reveals high levels of AS in P. trichocarpa and extensive inter-individual AS variation. We provide the most comprehensive analysis of AS in P. trichocarpa to date, which will serve as a valuable resource for the plant community to study transcriptome complexity and AS regulation during wood formation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».