In vitro binding of cattle<i>Pst</i>I SINE with a 33-kDa nuclear protein
Notice bibliographique
Résumé
A PstI family of SINEs (short interspersed elements) has been identified in some of the members of the family Bovidae, for example, cattle, buffalo and goat. In vitro DNA-protein interactions were studied to provide a better understanding of the function of these SINEs in the genome. Use of one such cattle PstI interspersed repeat sequence, as a probe in gel retardation assays, has lead to the identification of a repeat DNA-binding factor PIRBP (PstI interspersed repeat binding protein) from cattle liver nuclear extract. Southwestern analysis with liver nuclear extracts from cattle, goat, and buffalo revealed the presence of a PIRBP-like nuclear factor in all three species belonging to the family Bovidae. Deletion analysis localized the PIRBP binding site to an 80-bp (337-417 bp) region within the cattle PstI sequence. UV crosslinking and Southwestern analyses clearly indicated that PIRBP is a singular, small polypeptide of 33-kDa molecular mass. Homology search of the nucleic acids database revealed that the cattle PstI sequence was associated with many different genes of the family Bovidae, either in the 5' flanking region, 5' locus activating region, 3' UTR or in intervening sequences. The binding of the cattle PstI SINE by PIRBP and its association with the regulatory regions of the genes suggests that it plays an important role in the bovine genome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».