Notice bibliographique
Résumé
I have followed the debate between Drs. Lenfant and Macklem, two highly respected leaders in the field of lung biology, which came to a head recently in this journal (1, 2). As a member of the lung research community for more than 30 years, I share their concerns. I am afraid though that they still have not focused on the key element in the “failure to communicate” (3): biology has been sacrificed on the altar of reductionist molecular biology (an oxymoron). The genes that have been identified by the Human Genome Project (HGP) are merely the end result of evolution that forms the basis for the mechanisms of physiology. These genes must be seen within their biologic context to discern cause and effect (4). The processes of development, homeostasis, and repair, which are studied in contemporary biology, are “snapshots” of the ongoing evolutionary process, particularly after the Cambrian Burst, given that only 1% of today’s species survived that event. Like the physicists, we too need to consider initial conditions to know where we are going as a species. Without working models of lung biology that vertically integrate genes in pathways that integrate cell–cell communication leading to development, homeostasis, and repair (5), we may never effectively extricate ourselves from the morass of information exploding in a processless void. Metaphorically, it is like grinding up a painting, analyzing its chemical composition, and expecting to understand what the artist intended to communicate. I thought we had learned this lesson from the endocrinologists, who finally realized that ligand– receptor relationships must be seen within their biologic context. After all, that is how steroid receptors were first discovered (6), by observing the fate of the estrogen receptor within the context of the estrus cycle of the rat uterus. I believe that we are currently at the same stage of scientific interrogation that we were 40 years ago when biochemistry was the tool being used to leverage pathophysiology. In the postHGP era, we need to apply molecular biology to biology, not the other way around. The lack of attention to biological principles has caused the “failure to communicate” between the basic scientists and the translators. Using Dr. Macklem’s divorce metaphor (7), marriages sometimes fail because the partners grow apart; perhaps we can counsel this marriage by putting biology back into the relationship between science and medicine.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,014 | 0,088 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,009 | 0,024 |
| Communication savante | 0,010 | 0,020 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,007 |
| Intégrité de la recherche | 0,013 | 0,031 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,022 | 0,013 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».