Association Between Genetic Variants in the<i>IL</i>-<i>23R</i>Gene and Early-Onset Crohn's Disease: Results From a Case-Control and Family-Based Study Among Canadian Children
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND AND OBJECTIVES: Interleukin (IL)-23 is a key regulator of inflammation and influences the activities of T-helper 17 (Th-17) lymphocytes. Recent reports indicate that variants in the gene coding for its receptor (IL-23R) are strongly associated with Crohn's disease (CD). We investigated whether DNA variants in the IL-23R gene determine susceptibility for CD in Canadian children. DESIGN AND METHODS: A case-control and case-parent trio design was implemented at three pediatric centers across Canada. Cases of CD (</=20 yr) along with their parents and controls were recruited. DNA samples were collected and genotyped for 10 single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the IL-23R gene and three common SNPs in the CARD15 gene. Transmission disequilibrium-based tests were applied to the case-parent data and logistic regression models to the case-control data to study the association between the SNPs and CD. RESULTS: A total of 259 CD cases, 139 controls, and 232 families (167 trios and 65 dyads) were studied. The mean age at diagnosis was 13.3 yr (range 2.6-20 yr). The majority of the patients were Caucasian. Case-control analysis revealed significant associations with three SNPs (rs1004819, rs7517847, and rs11209026 [R381Q]) and borderline nonsignificant associations with three other SNPs (rs10489629, rs10889697, and rs11465804) in the IL-23R gene. Having any CARD15 variant was associated with a significant risk for CD (P < 0.0001). Analyses of case-parent data confirmed the findings from the case-control analysis including significant associations with the R381Q SNP (P= 0.002). The common variant in this SNP conferred risk for CD. These associations were largely independent of the CARD15 gene. CONCLUSIONS: Our findings confirm recently reported genome-wide associations between the IL-23R gene and CD. They suggest that the gene is also associated with pediatric-onset CD among Canadian children.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».