Expression, Purification, and Biochemical Characterization of WbpP, a New UDP-GlcNAc C4 Epimerase from Pseudomonas aeruginosa Serotype O6
Notice bibliographique
Résumé
B-band lipopolysaccharide is an important virulence factor of the opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa. WbpP is an enzyme essential for B-band lipopolysaccharide production in serotype O6. Sequence analysis suggests that it is involved in the formation of N-acetylgalacturonic acid. To test this hypothesis, overexpression and biochemical characterization of WbpP were performed. By using spectrophotometric assays and capillary electrophoresis, we show that WbpP is a UDP-GlcNAc C4 epimerase. The K(m) for UDP-GlcNAc and UDP-GalNAc are 197 and 224 micrometer, respectively. At equilibrium, 70% of UDP-GalNAc is converted to UDP-GlcNAc, whereas the yield of the reverse reaction is only 30%. The enzyme can also catalyze the inter-conversion of non-acetylated substrates, although the efficiency of catalysis is significantly lower. Only 15 and 40% of UDP-Glc and UDP-Gal, respectively, are converted at equilibrium. WbpP contains tightly bound NAD(H) and does not require additional cofactors for activity. It exists as a dimer in its native state. This paper is the first report of expression and characterization of a C4 UDP-GlcNAc epimerase at the biochemical level. Moreover, the characterization of the enzymatic function of WbpP will help clarify ambiguous surface carbohydrate biosynthetic pathways in P. aeruginosa and other organisms where homologues of WbpP exist.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».