A TILLING resource for functional genomics in <i>Arabidopsis thaliana</i> accession C24
Notice bibliographique
Résumé
TILLING (Targeting Induced Local Lesions IN Genomes) is a reverse genetic method that can be employed to generate allelic series of induced mutations in targeted genes for functional analyses. To date, TILLING resources in Arabidopsis thaliana are only available in accessions Columbia and Landsberg erecta. Here, we extended the Arabidopsis TILLING resources by developing a new population of ethyl methanesulfonate (EMS)-induced mutant lines in another commonly used A. thaliana accession C24. A permanent collection of 3,509 independent EMS mutagenized M2 lines was developed in A. thaliana accession C24, and designated C24TILL. Using the TILLING method to search C24TILL for mutations in four selected genes identified a total of 73 mutations, comprising 69.6% missense, 29.0% sense, and 1.4% nonsense mutations. Consistent with the propensity of EMS to induce guanine alkylation, 98.4% of the observed mutations were G/C to A/T transitions. Based on the mutations identified in the four target genes, the overall mutation density in the C24TILL collection was estimated to be 1/345 kb. TILLING the DUO POLLEN 1 (DUO1) gene from the C24TILL collection identified a truncation mutation leading to a deficiency in sperm cell differentiation. Taken together, a new TILLING resource, the C24TILL collection, was generated for A. thaliana accession C24. The C24TILL collection provides an allelic series of induced point mutations that will serve as a useful alternative reverse genetic resource for functional genetic studies in A. thaliana.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,062 | 0,068 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».