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Enregistrement W2080541968 · doi:10.1128/aem.02737-14

Biogeography of Heterotrophic Flagellate Populations Indicates the Presence of Generalist and Specialist Taxa in the Arctic Ocean

2015· article· en· W2080541968 sur OpenAlexaffabout
Mary Thaler, Connie Lovejoy

Notice bibliographique

RevueApplied and Environmental Microbiology · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtist diversity and phylogeny
Établissements canadiensUniversité Laval
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésFlagellateGeneralist and specialist speciesBiogeographyTaxonThe arcticEcologyArcticBiologyHeterotrophPhylogeographyGeographyOceanographyPhylogeneticsPaleontologyHabitatGeologyGeneticsBacteria

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Heterotrophic marine flagellates (HF) are ubiquitous in the world's oceans and represented in nearly all branches of the domain Eukaryota. However, the factors determining distributions of major taxonomic groups are poorly known. The Arctic Ocean is a good model environment for examining the distribution of functionally similar but phylogenetically diverse HF because the physical oceanography and annual ice cycles result in distinct environments that could select for microbial communities or favor specific taxa. We reanalyzed new and previously published high-throughput sequencing data from multiple studies in the Arctic Ocean to identify broad patterns in the distribution of individual taxa. HF accounted for fewer than 2% to over one-half of the reads from the water column and for up to 60% of reads from ice, which was dominated by Cryothecomonas. In the water column, many HF phylotypes belonging to Telonemia and Picozoa, uncultured marine stramenopiles (MAST), and choanoflagellates were geographically widely distributed. However, for two groups in particular, Telonemia and Cryothecomonas, some species level taxa showed more restricted distributions. For example, several phylotypes of Telonemia favored open waters with lower nutrients such as the Canada Basin and offshore of the Mackenzie Shelf. In summary, we found that while some Arctic HF were successful over a range of conditions, others could be specialists that occur under particular conditions. We conclude that tracking species level diversity in HF not only is feasible but also provides a potential tool for understanding the responses of marine microbial ecosystems to rapidly changing ice regimes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,451
Score d'incertitude au seuil0,292

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,195
Écart entre enseignants0,182 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations27
Publié2015
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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