Structural Characterization of Short-Lived Protein Unfolding Intermediates by Laser-Induced Oxidative Labeling and Mass Spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
The structural characterization of short-lived intermediates provides insights into the mechanisms of protein folding and unfolding. Using holo-myoglobin as a model system, this work reports the application of oxidative pulse labeling for experiments of this kind. Protein unfolding is triggered by a pH jump from 6.5 to 3.2 in 150 mM NaCl. Subsequent (.-)OH exposure at various time points using laser photolysis of H2O2 leads to covalent modifications of solvent-exposed side chains within approximately 1 mus (Hambly, D. M.; Gross, M. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 2057-2063). Most of these modifications appear as 16 Da adducts in the mass spectrum of the intact protein. The overall extent of labeling increases with time, reflecting the exposure of reactive side chains that had previously been buried. Unfolding and disruption of heme-protein interactions go to completion within approximately 10 s. Spatially resolved information is obtained by monitoring the signal intensities of unmodified tryptic peptides. After 50 ms, many regions have lost most of their protection, whereas structure is retained in the B, E, F, and G helices. The BEF core remains partially folded, even after 500 ms, at which point helix G is fully unprotected. The observation of an "early" (BEFG) and a "late" (BEF) intermediate is in accord with optical stopped-flow measurements. Formation of these transient species is attributed to the persistence of heme-protein interactions during the early stages of the reaction. Overall, this work demonstrates the feasibility of laser-induced oxidative labeling as a tool for characterizing the structure of short-lived protein conformers. The combination of this approach with ultrarapid mixing or photochemical triggering should allow folding experiments in the submillisecond range.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».