Highly informative nature of inter simple sequence repeat (ISSR) sequences amplified using tri- and tetra-nucleotide primers from DNA of cauliflower (<i>Brassica</i><i>oleracea</i>var.<i>botrytis</i>L.)
Notice bibliographique
Résumé
Inter simple sequence repeat (ISSR) sequences as molecular markers can lead to the detection of polymorphism and also be a new approach to the study of SSR distribution and frequency. In this study, ISSR amplification with nonanchored primer was performed in closely related cauliflower lines. Fourty-four different amplified fragments were sequenced. Sequences of PCR products are delimited by the expected motifs and number of repeats, which validates the ISSR nonanchored primer amplification technique. DNA and amino acids homology search between internal sequences and databases (i) show that the majority of the internal regions of ISSR had homologies with known sequences, mainly with genes coding for proteins implicated in DNA interaction or gene expression, which reflected the significance of amplified ISSR sequences and (ii) display long and numerous homologies with the Arabidopsis thaliana genome. ISSR amplifications revealed a high conservation of these sequences between Arabidopsis thaliana and Brassica oleracea var. botrytis. Thirty-four of the 44 ISSRs had one or several perfect or imperfect internal microsatellites. Such distribution indicates the presence in genomes of highly concentrated regions of SSR, or "SSR hot spots." Among the four nonanchored primers used in this study, trinucleotide repeats, and especially (CAA)5, were the most powerful primers for ISSR amplifications regarding the number of amplified bands, level of polymorphism, and their nature.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».