DNA-Damaging Agents Induce the RecA-Independent Homologous Recombination Functions of Integrating Conjugative Elements of the SXT/R391 Family
Notice bibliographique
Résumé
Integrating conjugative elements (ICEs) of the SXT/R391 family are major contributors to the spread of antibiotic resistance genes. These elements also catalyze their own diversity by promoting inter-ICE recombination through the action of the RecA-independent homologous recombination system that they encode. Here, we report that expression of this recombination system, which consists of the single-stranded DNA annealing protein Bet and the exonuclease Exo, is induced by DNA-damaging agents via ICE-encoded transcriptional regulators. We show that the bet and exo genes are part of a large polycistronic transcript that contains many conserved ICE genes that are not involved in the main integration/excision and conjugative transfer processes. We show that although the recombination genes are highly transcribed, their translation is subject to additional strong regulatory mechanisms. We also show that an ICE-encoded putative single-stranded DNA binding protein (Ssb) limits hybrid ICE formation. Finally, a thorough in silico analysis reveals that orthologues of Bet and Exo are widely distributed in bacterial strains belonging to very distantly related bacterial species and are carried by various mobile genetic elements. Phylogenetic analyses suggest that the annealing proteins and exonucleases that compose these systems sometimes have different evolutionary origins, underscoring the strong selective pressure to maintain the functionality of these unrelated cooperating proteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».