Effects of Hydrogen Bonding on the Acidity of Uracil
Notice bibliographique
Résumé
The present study uses density functional theory to investigate the effects of hydrogen bonding on the (N1) acidity of uracil. Uracil and uracil anion complexes with water, ammonia, and hydrogen fluoride at various uracil sites (O2(N3), O4(N3) and O4(C5)) are considered. The calculated geometries of the uracil anion complexes are significantly different from those of the (neutral) uracil counterparts, which leads to the significantly larger binding energies in the anionic complexes. The binding strength of each molecule to (neutral) uracil is largest at the O4(N3) position and at the O2(N3) position in the uracil (N1) anion. Our calculations reveal that hydrogen-bonding interactions with one molecule increase the (N1) acidity of uracil by up to approximately 50 kJ mol -1 and that the effect of two molecules is approximately equal to the sum of the individual effects. The acidity increase is largest when water and ammonia bind to the O4(C5) position and when hydrogen fluoride binds to the O2(N3) position. Our results lead to a greater fundamental understanding of hydrogen-bonding interactions involving uracil and have important implications for interactions in biological systems, such as those at the active site in uracil DNA glycosylase.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».