Identification of a Novel One-carbon Metabolism Regulon in Saccharomyces cerevisiae
Notice bibliographique
Résumé
Glycine specifically induces genes encoding subunits of the glycine decarboxylase complex (GCV1, GCV2, and GCV3), and this is mediated by a fall in cytoplasmic levels of 5,10-methylenetetrahydrofolate caused by inhibition of cytoplasmic serine hydroxymethyltransferase. Here it is shown that this control system extends to genes for other enzymes of one-carbon metabolism and de novo purine biosynthesis. Northern analysis of the response to glycine demonstrated that the induction of the GCV genes and the induction of other amino acid metabolism genes are temporally distinct. The genome-wide response to glycine revealed that several other genes are rapidly co-induced with the GCV genes, including SHM2, which encodes cytoplasmic serine hydroxymethyltransferase. These results were refined by examining transcript levels in an shm2Delta strain (in which cytoplasmic 5,10-methylenetetrahydrofolate levels are reduced) and a met13Delta strain, which lacks the main methylenetetrahydrofolate reductase activity of yeast and is effectively blocked at consumption of 5,10-methylene tetrahydrofolate for methionine synthesis. Glycine addition also caused a substantial transient disturbance to metabolism, including a sequence of changes in induction of amino acid biosynthesis and respiratory chain genes. Analysis of the glycine response in the shm2Delta strain demonstrated that apart from the one-carbon regulon, most of these transient responses were not contingent on a disturbance to one-carbon metabolism. The one-carbon response is distinct from the Bas1p purine biosynthesis regulon and thus represents the first example of transcriptional regulation in response to activated one-carbon status.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».