Molecular and morphological differentiation of <i>Colletotrichum truncatum</i> from scentless chamomile and selected crop species
Notice bibliographique
Résumé
The fungal pathogen Colletotrichum truncatum is a potential bioherbicide agent for management of the noxious weed scentless chamomile (Metricaria perforate) in western Canada. Isolates of the potential biocontrol agent from scentless chamomile cannot be separated morphologically from the pathogen that causes anthracnose on lentil and field pea, raising questions about crop safety for its use as a bioherbicide agent in the region. Internal transcribed spacer (ITS) regions of ribosomal DNA (rDNA) of C. truncatum from scentless chamomile and several crop species were examined for genetic differences. ITS-rDNA fragments of 63 isolates were amplified using the universal primers Its4 and Its5 and sequenced. The rDNA fragment was 571 bp in size for isolates from scentless chamomile, 566 bp from lentil, 558 or 559 bp from field pea isolates and 555 bp from soybean. Phylogenetic analysis using parsimony and neighbour-joining methods separated these putative C. truncatum isolates into four groups that coincided with host origin. All of the isolates of scentless chamomile fell within a single cluster regardless of their geographic origins, and were most closely related to C. truncatum isolates from lentil. Morphologically, the isolates from scentless chamomile, lentil and field pea were similar in conidial shape and dimension, whereas soybean isolates had substantially longer and more falcate conidia and slightly bigger appressoria. Based on the sequence information, strain-specific PCR primers were designed for isolates of C. truncatum from each host and used to amplify specific rDNA fragments (markers). This molecular technique was sensitive and strain-specific for detection and differentiation of Colletotrichum isolates from scentless chamomile, lentil, field pea and soybean, and may be used as a tracking and monitoring tool in environmental risk assessment for the bioherbicide agent.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».