Abstract 317: 1q32.1 and 16q21 genomic alterations implicate KIF14/MDM4/PIK3C2ß and CDH11 as independent prognostic markers of relapse in localized Ewing Family of Tumors
Notice bibliographique
Résumé
Abstract EWS-ETS genetic fusion appears to be the initiating mechanism behind Ewing Family of Tumors (EFT) pathogenesis; however, progression of the disease is dependent on additional genetic alterations. Using the Progenetix database, we identified mainly alterations at 1q, and at 16q, as the most recurrent genetic alterations in EFT without consistency as markers of relapse. Clinic features of a large genotype cohort of 135 patients with EFT were retrospectively reviewed from A.C. Camargo hospital records. Tissue microarrays (TMA) were built for multi-color interphase fluorescent in situ hybridization (iFISH) analysis of aberrations at 1q32.1 (KIF14/MDM4/PIK3C2ß) and 16q21 (CDH11) using in-house probes. Gains were defined by the presence of more than three hybridization signals per interphase nucleus with simultaneous intact centrosome signal occurring in more than 5% of tumor nuclei. Losses were indicated by one target signal with the intact centrosome signals in more than 30% of nuclei. The frequencies of gene copy number alterations (CNA) were compared with clinical parameters and follow-ups. Statistical analyses were performed by SPSS program. A p-value of less than 0.05 was considered significant. CNA analysis showed gains at 1q32.1 in 15/128 (11.7%) cases, while abnormalities at 16q21 were seen in 24/118 (20.3%) patients, split into two groups. One group of patients, 11/118 (9.3%), showed only hemizygous deletion, whereas, the other group with 13/118 (11%) patients showed gain. A significant association between 1q32.1 gains and 16q21 losses (p=0.029) was detected, but not a significant clinical synergism when interacting at the same patient. Univariate analyses showed gains at 16q21 (p=0.029) or at 1q32.1 (p=0.005) associated with tumor relapse in the localized disease subgroup. Disease-free survival curves represented these gained regions as unfavorable outcome parameters (p<0.05) for EFT patients. The multivariate model confirmed 1q32.1 or 16q21 gains as independent prognostic markers for relapse. Hence, copy number gains at 1q32.1 and 16q21 constitute valuable markers of relapse in localized EFT. Genomic alterations of the critical genes in these chromosomal regions probably activate key downstream target genes of distinct pathways, which thus lead to an intricate molecular mechanism for EFT growth and aggressiveness. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 102nd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2011 Apr 2-6; Orlando, FL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2011;71(8 Suppl):Abstract nr 317. doi:10.1158/1538-7445.AM2011-317
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».