Amplification of Screening Sensitivity through Selective Destruction: Theory and Screening of a Library of Carbonic Anhydrase Inhibitors
Notice bibliographique
Résumé
A new method for identifying enzyme inhibitors is to conduct their synthesis in the presence of the targeted enzyme. Good inhibitors form in larger amounts than poorer ones because the binding either speeds up synthesis (target-accelerated synthesis) or shifts the synthesis equilibrium (dynamic combinatorial libraries). Several groups have successfully demonstrated this approach with simple systems, but application to larger libraries is challenging because of the need to accurately measure the amount of each inhibitor. In this report, we dramatically simplify this analysis by adding a reaction that destroys the unbound inhibitors. This works similar to a kinetic resolution, with the best inhibitor being the last one remaining. We demonstrate this method for a static library of several sulfonamide inhibitors of carbonic anhydrase. Four sulfonamide-containing dipeptides, EtOC-Phe(sa)-Phe (4a), EtOC-Phe(sa)-Gly (4b), EtOC-Phe(sa)-Leu (4c) and EtOC-Phe(sa)-Pro (4d), were prepared and their inhibition constants measured. These inhibitors migrated to the carbonic anhydrase compartment of a two-compartment vessel. Although higher concentrations of the better inhibitors were observed in the carbonic anhydrase compartment, the concentration differences were small (1.83:1.71:1.54:1.46:1 for 4a:4b:4c:4d:5, where 5 is a noninhibiting dipeptide EtOC-Phe-Phe). Addition of a protease rapidly cleaved the weaker inhibitors (4d and 5). Intermediate inhibitor 4c was cleaved at a slower rate, and at the end of the reaction, only 4a and 4b remained. In a separate experiment, the ratio of 4a to 4b was found to increase over time to a final ratio of nearly 4:1. This is greater than the ratio of their inhibition constants (approximately 2:1). The theoretical model predicts that these ratios would increase even further as the destruction proceeds. This removal of poorer inhibitors simplifies identification of the best inhibitor in a complex mixture.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».