Fragmentation of doubly-protonated Pro-His-Xaa tripeptides: Formation of <i>b</i><sub><i>2</i></sub><sup><i>2</i>+</sup> ions
Notice bibliographique
Résumé
When ionized by electrospray from acidic solutions, the tripeptides Pro-His-Xaa (Xaa = Gly, Ala, Leu) form abundant doubly-protonated ions, [M + 2H]2+. Collision-induced dissociation (CID) of these doubly-protonated species results, in part, in formation of b(2)(2+) ions, which fragment further by loss of CO to form a(2)(2+) ions; the latter fragment by loss of CO to form the Pro and His iminium [immonium is commonly used in peptide MS work] ions. Although larger doubly-charged b ions are known, this represents the first detailed study of b(2)(2+) ions in CID of small doubly protonated peptides. The most abundant CID products of the studied doubly-protonated peptides arise mainly in charge separation involving two primary fragmentation channels, formation of the b2/y1 pair and formation of the a1/y2 pair. Combined molecular dynamics and density functional theory calculations are used to gain insight into the structures and fragmentation pathways of doubly-protonated Pro-His-Gly including the energetics of potential protonation sites, backbone cleavages, post-cleavage charge-separation reactions and the isomeric structures of b(2)(2+) ions. Three possible structures are considered for the b(2)(2+) ions: the oxazolone, diketopiperazine, and fused ring isomers. The last is formed by cleavage of the His-Gly amide bond on a pathway that is initiated by nucleophilic attack of one of the His side-chain imidazole nitrogens. Our calculations indicate the b(2)(2+) ion population is dominated by the oxazolone and/or fused ring isomers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».