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Enregistrement W2081573734 · doi:10.1107/s090904950302421x

Hydration structures in proteins and neutron diffraction experiment on dissimilatory sulfite reductase D (DsrD)

2003· article· en· W2081573734 sur OpenAlexaff
Toshiyuki Chatake, Andreas Ostermann, Kazuo Kurihara, F. Parak, Nobuhiro Mizuno, Gerrit Voordouw, Yoshiki Higuchi, Ichiro Tanaka, Nobuo Niimura

Notice bibliographique

RevueJournal of Synchrotron Radiation · 2003
Typearticle
Langueen
DomaineMaterials Science
ThématiqueEnzyme Structure and Function
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesMinistry of Education, Culture, Sports, Science and Technology
Mots-clésNeutron diffractionHydrogen bondChemistryCrystallographyMoleculeNeutronIntermolecular forceSulfite reductaseSulfiteDNAReductaseBiochemistryCrystal structurePhysicsEnzymeOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Neutron crystallography can provide a substantial amount of information about the hydration of proteins. The hydration patterns of three proteins, whose structures have been solved at 1.5 or 1.6 A resolution using our BIX-type diffractometers, show interesting features. The water molecules adopt a variety of shapes in the neutron Fourier maps, revealing details of intermolecular hydrogen-bond formation and dynamics of hydration. In addition, the neutron diffraction study of a DNA-binding protein, dissimilatory sulfite reductase D (DsrD) is briefly described, and some preliminary results are presented. This topic is of interest because it is well known that hydrogen bonds play important roles in DNA-protein recognition.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,245
Écart entre enseignants0,236 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2003
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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