Conformation of Trisialic Acid Lactone: NMR Spectroscopic Analysis and Molecular Dynamics Simulation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The conformation of the trisialic acid lactone α2,8‐(NeuAc)3 was analyzed by a combination of NMR spectroscopy, molecular modelling and molecular dynamic (MD) calculations. The interresidue NOEs provided 14 important distance restraints for the molecular simulation, and the final simulated structures showed a root mean square deviation of 0.78 for all superimposed structures. Because of the steric hindrance from the spirobicyclic δ‐lactone, the individual sialic acid pyranose rings are considered essential in the chair 5C2 conformation. In addition, lactone I close to the nonreducing end adopted a half‐chair A2HCB9 conformation, whereas lactone II, which is close to the reducing end adopted a skewed twist‐boat C2SC9 conformation. In the NMR solution structure and in the 1.0‐ns, in‐water MD calculation, the final simulated structures are in the exocyclic torsions (ω7, ω8) = (gauche–anti) surface of the energy adiabatic map, where the global minimum can be found. During the in‐water MD simulation, a slight fluctuation in the structure was observed, reflecting the steady conformation of the lactone and the middle residue of the trisaccharide. These data are consistent with a theoretical approach of polysialic acid (PSA) polylactone with torsions (ω7, ω8) = (65°, 175°) and (Φ, Ψ) = (75.8°, –112.4°). Thus, we conclude that the PSA polylactone is a right‐hand helix with a rotation angle, μ, of 240° and a repeating unit, n, of 1.5 residues. The structural properties of the PSA lactone discussed within this context differ from the helical epitope of G2+ PSA and may serve in future PSA‐related antigen designs. (© Wiley‐VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany, 2007)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».