A distal single nucleotide polymorphism alters long-range regulation of the PU.1 gene in acute myeloid leukemia
Notice bibliographique
Résumé
Targeted disruption of a highly conserved distal enhancer reduces expression of the PU.1 transcription factor by 80% and leads to acute myeloid leukemia (AML) with frequent cytogenetic aberrations in mice. Here we identify a SNP within this element in humans that is more frequent in AML with a complex karyotype, leads to decreased enhancer activity, and reduces PU.1 expression in myeloid progenitors in a development-dependent manner. This SNP inhibits binding of the chromatin-remodeling transcriptional regulator special AT-rich sequence binding protein 1 (SATB1). Overexpression of SATB1 increased PU.1 expression, and siRNA inhibition of SATB1 downregulated PU.1 expression. Targeted disruption of the distal enhancer led to a loss of regulation of PU.1 by SATB1. Interestingly, disruption of SATB1 in mice led to a selective decrease of PU.1 RNA in specific progenitor types (granulocyte-macrophage and megakaryocyte-erythrocyte progenitors) and a similar effect was observed in AML samples harboring this SNP. Thus we have identified a SNP within a distal enhancer that is associated with a subtype of leukemia and exerts a deleterious effect through remote transcriptional dysregulation in specific progenitor subtypes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».