Selecting immunohistochemical cut-off scores for novel biomarkers of progression and survival in colorectal cancer
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Cut-off scores for determining positivity of biomarkers detected by immunohistochemistry are often set arbitrarily and vary between reports. AIMS: To evaluate the performance of receiver operating characteristic (ROC) curve analysis in determining clinically important cut-off scores for a novel tumour marker, the receptor for hyaluronic acid mediated motility (RHAMM), and show the reproducibility of the selected cut-off scores in 1197 mismatch-repair (MMR) proficient colorectal cancers (CRC). METHODS: Immunohistochemistry for RHAMM was performed using a tissue microarray of 1197 MMR-proficient CRC. Immunoreactivity was scored using a semi-quantitative scoring method by evaluating the percentage of positive tumour cells. ROC curve analysis was performed for T stage, N stage, tumour grade, vascular invasion and survival. The score with the shortest distance from the curve to the point with both maximum sensitivity and specificity, i.e. the point (0.0, 1.0), was selected as the cut-off score leading to the greatest number of tumours correctly classified as having or not having the clinical outcome. In order to determine the reliability of the selected cut-off scores, 100 bootstrapped replications were performed to resample the data. RESULTS: The cut-off score for T stage, N stage, tumour grade and vascular invasion was 100% and that for survival 90%. The most frequently selected cut-off score from the 100 resamples was also 100% for T stage, N stage, tumour grade, and vascular invasion and 90% for survival. CONCLUSIONS: ROC curve analysis can be used as an alternative method in the selection and validation of cut-off scores for determining the clinically relevant threshold for immunohistochemical tumour positivity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,013 | 0,021 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».