Systematic Mutational Analysis of the Putative Hydrolase PqsE: Toward a Deeper Molecular Understanding of Virulence Acquisition in Pseudomonas aeruginosa
Notice bibliographique
Résumé
Pseudomonas aeruginosa is an important opportunistic human pathogen that can establish bacterial communication by synchronizing the behavior of individual cells in a molecular phenomenon known as "quorum sensing". Through an elusive mechanism involving gene products of the pqs operon, the PqsE enzyme is absolutely required for the synthesis of extracellular phenazines, including the toxic blue pigment pyocyanin, effectively allowing cells to achieve full-fledged virulence. Despite several functional and structural attempts at deciphering the role of this relevant enzymatic drug target, no molecular function has yet been ascribed to PqsE. In the present study, we report a series of alanine scanning experiments aimed at altering the biological function of PqsE, allowing us to uncover key amino acid positions involved in the molecular function of this enzyme. We use sequence analysis and structural overlays with members of homologous folds to pinpoint critical positions located in the vicinity of the ligand binding cleft and surrounding environment, revealing the importance of a unique C-terminal α-helical motif in the molecular function of PqsE. Our results suggest that the active site of the enzyme involves residues that extend further into the hydrophobic core of the protein, advocating for a lid-like movement of the two terminal helices. This information should help design virtual libraries of PqsE inhibitors, providing means to counter P. aeruginosa virulence acquisition and helping to reduce nosocomial infections.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».