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Enregistrement W2081889117 · doi:10.5197/j.2044-0588.2011.024.023

First report of ‘<i>Candidatus</i> Phytoplasma trifolii’ (group 16SrVI) infecting <i>Sauropus androgynus</i>

2011· article· en· W2081889117 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
aboutLe titre ou le résumé porte un signal canadien du lexique géographique.

Notice bibliographique

RevueNew Disease Reports · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePhytoplasmas and Hemiptera pathogens
Établissements canadiensMuscular Dystrophy Canada
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyPhytoplasmaNested polymerase chain reactionRestriction fragment length polymorphismGenBankPetiole (insect anatomy)AmpliconBotanyHorticultureVeterinary medicinePolymerase chain reactionGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Sauropus androgynus, also known as sweet leaf, cekur manis, asin-asin and pak waan, is a shrub grown in some tropical regions as a leaf vegetable.It is one of the most popular leaf vegetables in South and Southeast Asia and is notable for high yields and palatability. During October 2010, plants of S. androgynus growing in small plots in the area of Poring Springs, Sabah, Malaysia, were noted showing proliferations of miniature leaves (reduced laminar and petiole length) at the apex of the plant emerging from cut stems where the plants had previously been harvested. Symptoms were observed in around 50% of the S. androgynus plants surveyed. Plants showing these symptoms were tested for phytoplasma. Leaf samples from S. androgynus (from five plants with and two plants without symptoms) were collected, and total DNA extracted (FastDNA Spin Kit, MP Biomedicals, USA). Phytoplasma universal primers specific for 16S rDNA (R16mF2/R1 and R16F2n/R2; Gundersen & Lee, 1996) were used in a nested PCR assay. Nested PCR products of expected size (~1250 bp) were obtained for all the S. androgynus plants showing symptoms. Symptomless plants yielded no PCR products. Amplicons were purified (Wizard PCR Clean-up, Promega) and sequenced bi-directionally (University of Health Network, Toronto, Ontario, Canada). The partial 16S rDNA sequence obtained was deposited in GenBank (Accession No. HQ121242). BLAST analysis showed that the16S rDNA sequence of S. androgynus phytoplasma was 99% identical to those of the group 16SrVI, ‘Candidatus Phytoplasma trifolii’. Restriction fragment length polymorphism analysis (RFLP) of amplicons using AluI and RsaI yielded profiles similar to those of the 16SrVI-A phytoplasma subgroup. Phytoplasmas of group 16SrVI have mainly been reported in North America and Europe (IRPCM, 2004; Přibylová et al., 2008). In South Asia, 16SrVI phytoplasmas have been recently associated with diseases in other perennial herbaceous hosts, including Calotropis gigantean and Portulaca grandiflora (Priya et al., 2010). However, to our knowledge, this is the first world report of a 16SrVI-related phytoplasma infecting S. androgynus, which may represent a phytosanitary risk for other herbaceous perennial crops in the region.The National Plant Protection Organisation (NPPO) of Malaysia has been notified of these matters.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,191
Score d'incertitude au seuil0,869

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,200
Écart entre enseignants0,178 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle