First report of ‘<i>Candidatus</i> Phytoplasma trifolii’ (group 16SrVI) infecting <i>Sauropus androgynus</i>
Notice bibliographique
Résumé
Sauropus androgynus, also known as sweet leaf, cekur manis, asin-asin and pak waan, is a shrub grown in some tropical regions as a leaf vegetable.It is one of the most popular leaf vegetables in South and Southeast Asia and is notable for high yields and palatability. During October 2010, plants of S. androgynus growing in small plots in the area of Poring Springs, Sabah, Malaysia, were noted showing proliferations of miniature leaves (reduced laminar and petiole length) at the apex of the plant emerging from cut stems where the plants had previously been harvested. Symptoms were observed in around 50% of the S. androgynus plants surveyed. Plants showing these symptoms were tested for phytoplasma. Leaf samples from S. androgynus (from five plants with and two plants without symptoms) were collected, and total DNA extracted (FastDNA Spin Kit, MP Biomedicals, USA). Phytoplasma universal primers specific for 16S rDNA (R16mF2/R1 and R16F2n/R2; Gundersen & Lee, 1996) were used in a nested PCR assay. Nested PCR products of expected size (~1250 bp) were obtained for all the S. androgynus plants showing symptoms. Symptomless plants yielded no PCR products. Amplicons were purified (Wizard PCR Clean-up, Promega) and sequenced bi-directionally (University of Health Network, Toronto, Ontario, Canada). The partial 16S rDNA sequence obtained was deposited in GenBank (Accession No. HQ121242). BLAST analysis showed that the16S rDNA sequence of S. androgynus phytoplasma was 99% identical to those of the group 16SrVI, ‘Candidatus Phytoplasma trifolii’. Restriction fragment length polymorphism analysis (RFLP) of amplicons using AluI and RsaI yielded profiles similar to those of the 16SrVI-A phytoplasma subgroup. Phytoplasmas of group 16SrVI have mainly been reported in North America and Europe (IRPCM, 2004; Přibylová et al., 2008). In South Asia, 16SrVI phytoplasmas have been recently associated with diseases in other perennial herbaceous hosts, including Calotropis gigantean and Portulaca grandiflora (Priya et al., 2010). However, to our knowledge, this is the first world report of a 16SrVI-related phytoplasma infecting S. androgynus, which may represent a phytosanitary risk for other herbaceous perennial crops in the region.The National Plant Protection Organisation (NPPO) of Malaysia has been notified of these matters.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».